Управление школой осуществляется в соответствии с Законом Российской Федерации «Об образовании» и Типовым положением об общеобразовательном учреждении в Российской Федерации на принципах демократии, гуманизма, общедоступности, приоритета общечеловеческих ценностей, жизни и здоровья человека, гражданственности, свободного развития личности, автономности и светского характера образования.
Руководителем МОБУ " СОШ №2 г.Соль-Илецка" является Шестакова Светлана Ивановна. В образовательной организации сформированы коллегиальные органы управления, к которым относятся Педагогический совет, Управляющий Совет и Профсоюзный орган.